Terletak di alam semesta alternatif di tahun 2007-2010, monster raksasa dan alien penakluk mulai muncul, seperti yang dijelaskan oleh ramalan apokaliptik tentang kekacauan yang tak terkendali di Bumi. Menghadapi ancaman itu, TPC (Terrestrial Peaceable Consortium) dibuat bersama dengan cabangnya, GUTS (Global Unlimited Task Squad).
Melalui pesan holografik dalam kapsul yang ditemukan oleh para peneliti, GUTS mendapatkan pengetahuan tentang piramida emas yang dibangun oleh peradaban kuno. Di situs itu, terdapat tiga patung ras raksasa yang membela peradaban manusia purba di Bumi sekitar 30.000.000 tahun yang lalu. GUTS menemukan tiga patung kuno, tetapi dua di antaranya dihancurkan oleh monster Golza dan Melba. Ditengah-tengah kekacauan karena serangan kedua monster tersebut, patung yang ketiga akhirnya bergabung dengan Daigo, dan terciptalah Ultraman Tiga yang akan melawan ancaman monster yang ada di Bumi.
