Emu Hojo adalah seorang dokter magang di Rumah Sakit Universitas Seito dan juga seorang gamer video jenius yang dikenal dengan nama alias "M". Emu bercita-cita menjadi dokter setelah seorang dokter bernama Kyotaro Hinata menyelamatkan hidupnya dari penyakitnya ketika dia masih kecil. Kyotaro juga memberinya konsol video game genggam WonderSwan sebagai hadiah yang memicu minat Emu pada video game. Sebuah perusahaan video game yang bernama Genm Corporation, telah menyadari keberadaan Bugsters, suatu bentuk virus komputer yang muncul dari bug perangkat lunak yang menjangkit manusia. Genm Corp menghadapi ancaman Bugster dengan mengembangkan sabuk Gamer Driver dan item transformasi yang disebut Rider Gashat, dan yang berhak menggunakannya ialah dokter yang sudah menjalani prosedur khusus. Salah satu dokter yang dipilih adalah Emu sendiri, yang berubah menjadi Kamen Rider Ex-Aid untuk menyelamatkan pasiennya dari virus Bugster.
