Sougo Tokiwa, seorang siswa sekolah menengah yang lahir pada tahun 2000, bermimpi suatu hari menjadi seorang raja. Tiba-tiba, dia bertemu dengan seorang gadis misterius bernama Tsukuyomi, yang datang dari tahun 2068, dan memberitahu Shougo bahwa dia dimasa depan akan menjadi raja iblis kejam yang menguasai dunia. Meskipun begitu, Sougo tetap percaya dengan impiannya dan menjadi Kamen Rider Zi-O untuk menyelamatkan ruang dan waktu dari Time Jackers, sebuah kelompok yang berusaha mengubah sejarah Heisei Kamen Rider untuk tujuan mereka sendiri. Sougo dibantu Geiz Myokoin, seorang pejuang yang datang dari tahun 2068 yang menjadi Kamen Rider Geiz yang awalnya bermaksud membunuh Sougo untuk mengubah masa depan.
