Dahulu kala, sebuah sekte pendekar pedang yang dikenal sebagai Sword of Logos melindungi Kitab Agung, sebuah buku besar sejarah yang berisi segala sesuatu yang diketahui manusia; mitos, makhluk, cerita, ilmu pengetahuan, teknologi, dan evolusi peradaban manusia. Namun ribuan tahun yang lalu, seorang pengkhianat yang bekerja untuk Megido mencoba mencurinya untuk dirinya sendiri. Akibatnya, Kitab itu lenyap dan setiap halamannya berserakan di seluruh dunia. Di masa kini ada seorang novelis muda bernama Touma Kamiyama telah bermimpi tentang dia menyaksikan pendekar pedang dan monster keluar dari buku cerita. Suatu hari, sebuah fenomena aneh terjadi tiba-tiba, sebagian kota telah menghilang. Saat Touma dan Mei terperangkap dalam fenomena ini, serangan itu mengingatkan Touma akan mimpinya saat dia diserang oleh monster misterius. Touma memanfaatkan kekuatan Naga Merah saat menyatu dengan tubuhnya, mengubahnya menjadi Pendekar Api.
